Criada em 1980, a SR-2 é responsável pela articulação e gerência das atividades relacionadas à pós-graduação, à pesquisa e à inovação na UERJ, cabendo-lhe criar diretrizes da política institucional nesse âmbito. Nossas metas principais são: ampliar a atuação junto às agências de fomento; incentivar a capacitação docente e a iniciação cientifica de estudantes de graduação; supervisionar e incentivar o desenvolvimento de cursos de pós-graduação; gerenciar programas institucionais para o desenvolvimento da pesquisa e pós-graduação, como por exemplo, o Programa Prociência, Professor Visitante, Proatec; fomentar a articulação entre grupos de pesquisa para desenvolvimento de projetos multiusuários; ampliar a inserção internacional da UERJ, incluindo a mobilidade de pesquisadores e alunos em todos os níveis, bem como o desenvolvimento de projetos bilaterais de pesquisa e programas de co-tutela; disseminar a cultura de inovação; consolidar o CEADS como um centro internacional de pesquisas nas áreas de biodiversidade, ciências do mar e ciências ambientais.
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